Зависят ли меры поддержки фонда от системы налогообложения участника, например при переходе на автоматизированную УСН?

Нет, не зависят: финансовая помощь фонда компаниям-участникам не связана с их системой налогообложения, и при переходе на автоматизированную УСН поддержка не прекращается.

Это видно и по самим условиям: ни требования к участнику для получения микрогранта (п. 1 ст. 3 Положения о микрогрантах), ни условия допуска заявки на грант или минигрант (п. 3 ст. 2 Положения о грантах) системы налогообложения не упоминают — значение имеют вид участника, статус малой технологической компании, выручка, отсутствие незакрытых соглашений и нарушений.

Отдельный вопрос — налоговые льготы участника: их сохранение при АУСН определяется Налоговым кодексом, а не правилами проекта, и разъяснения по нему даёт ваша налоговая инспекция: фонд официальные пояснения в сфере налогового законодательства давать не уполномочен.

Сами льготы участника собраны в четырёх статьях Налогового кодекса: освобождение от НДС (ст. 145.1) и от налога на прибыль (ст. 246.1) — в течение десяти лет со дня получения статуса, освобождение от налога на имущество организаций (п. 20 ст. 381), единый пониженный тариф страховых взносов 15 % с части выплат работнику сверх полуторакратного МРОТ — тоже в течение десяти лет (подп. 10 п. 1, п. 2.4 и п. 9 ст. 427); общая справка о льготах участника — на sk.ru/tax-facilities/.

Спорную ситуацию с совмещением АУСН и льгот закрывайте письменным запросом в свою инспекцию. По самим мерам поддержки при смене налогового режима: микрогранты — small_funds@sk.ru, +7 (495) 956-00-33 доб. 2465 (с любого адреса компании, кроме корпоративной почты участника ОРН), минигранты — mini_funds@sk.ru или ваш проектный менеджер, возмещение части затрат инвестору — BA-startups@sk.ru.