Приравнивает ли статус участника проекта «Сколково» компанию к субъекту МСП и на каком основании участника включают в реестр МСП?

Нет, не приравнивает: статус участника проекта и статус субъекта МСП — два независимых статуса. Статус участника закрывает только одно из условий Федерального закона от 24.07.2007 № 209-ФЗ. Чтобы попасть в реестр, хозяйственное общество или хозяйственное партнёрство должно отвечать хотя бы одному из требований п. 1 ч. 1.1 ст. 4 — и статус участника проекта, полученный по Федеральному закону № 244-ФЗ, сам по себе является таким требованием (подп. «г»). Поэтому ограничения по долям государства, иностранных юридических лиц и компаний, не относящихся к МСП (подп. «а»), к участнику проекта не применяются.

Остальные условия сохраняются. Среднесписочная численность работников за предшествующий календарный год: до 15 человек — микропредприятие, до 100 — малое предприятие, от 101 до 250 — среднее (п. 2 ч. 1.1 ст. 4). Доход от предпринимательской деятельности за предшествующий календарный год не должен превышать предельные значения, которые устанавливает Правительство (п. 3 ч. 1.1 ст. 4). Послабление по доходу одно и узкое: если участник проекта пользуется правом не представлять налоговую отчётность, позволяющую определить доход за предшествующий год, его категорию определяют только по среднесписочной численности работников (ч. 3 ст. 4).

Реестр ведёт ФНС, а сведения о действующих участниках проекта передаёт в неё фонд — ежегодно в срок до 5 июля по состоянию на 1 июля (ч. 2 и п. 3 ч. 6 ст. 4.1). Подавать их самостоятельно не нужно.