Почему действующего участника проекта «Сколково» может не быть в реестре МСП или его могут исключить из реестра?

Причин, которые называет фонд, две. Первая — компания получила статус после даты отсечения: фонд передаёт в ФНС реестр участников проекта по состоянию на 1 июля текущего года (п. 3 ч. 6 ст. 4.1 Федерального закона от 24.07.2007 № 209-ФЗ), поэтому получившие статус позже войдут в передачу следующего года — специально делать для этого ничего не нужно.

Вторая — вопросы к отчётности: компанию исключают из единого реестра субъектов МСП 10 июля текущего года, если она не представила сведения о среднесписочной численности работников за предшествующий календарный год и (или) налоговую отчётность, позволяющую определить величину дохода от предпринимательской деятельности за предшествующий календарный год, либо если она не отвечает условиям ст. 4 этого закона (п. 5 ч. 5 ст. 4.1).

Если участник проекта пользуется правом не представлять налоговую отчётность, позволяющую определить доход, его категорию определяют по среднесписочной численности работников (ч. 3 ст. 4) — но сведения о численности за предшествующий год подать нужно в любом случае.

Разбираться с исключением из реестра нужно с налоговой службой, а не с фондом: реестр МСП ведёт ФНС (ч. 2 ст. 4.1), а налоговые льготы участников проекта регулирует Налоговый кодекс (ст. 145.1, ст. 246.1, п. 20 ст. 381, ст. 427). Обращайтесь в свою территориальную налоговую инспекцию — и по исключению из реестра, и по требованию подать декларацию: запрашивайте официальный ответ с указанием основания требования и уже на нём стройте возражения.