Нужно ли сдавать годовой отчёт и другие отчёты в фонд, если компания вышла из проекта по своему заявлению?

Нет: после того как в реестр внесена запись об утрате статуса, обязанности представлять отчёты в фонд больше нет — ни годового отчёта за год, в котором компания вышла, ни квартальных. Фонд при этом просит подать годовой отчёт за отчётный год добровольно: это просьба, а не обязанность. Пока запись в реестр не внесена, компания остаётся участником проекта и все обязательства перед фондом, включая отчётность, за ней сохраняются.

Отчётность по грантам сохраняется в любом случае: утрата статуса не освобождает от исполнения обязательств по договорам, заключённым с фондом и его дочерними юридическими лицами, включая обязанности по грантовым соглашениям, договорам о порядке возмещения затрат и договорам аренды помещений (п. 6 ст. 21 Положения о статусе); вопросы по такой отчётности адресуйте в грантовую службу — small_funds@sk.ru по грантам и микрогрантам, mini_funds@sk.ru по минигрантам.

Вопрос об объёме обязательств именно вашей компании после выхода направляйте с корпоративной почты участника (ОРН@members.sk.ru) на Skcontrol@sk.ru. Сценарий с истечением десятилетнего срока решается иначе — там годовой отчёт за истекший год подать нужно, см. отдельный ответ. Перерасчёт налогов после утраты статуса делает ФНС, а не фонд; периоды, за которые восстанавливаются НДС, налог на прибыль и страховые взносы, — в теме «Налоги и страховые взносы».