Теряет ли участник статус при выручке свыше 1 млрд рублей или накопленной прибыли свыше 300 млн рублей и считаются ли эти пороги с НДС?

Нет, статус участника проекта из-за размера выручки или прибыли не утрачивается. Пороги 1 млрд ₽ выручки и 300 млн ₽ накопленной прибыли установлены Налоговым кодексом, относятся к праву на налоговые льготы и работают как две ступени.

Первая ступень — год, в котором годовая выручка от реализации превысила 1 млрд ₽. С 1-го числа этого года прекращается освобождение от налога на прибыль (абз. 3 п. 2 ст. 246.1 НК РФ), но налог не появляется: прибыль облагается по ставке 0 процентов (п. 5.1 ст. 284 НК РФ).

Появляются обязанности — подавать декларацию по налогу на прибыль независимо от наличия обязанности уплатить налог (п. 1 ст. 289 НК РФ) и вместе с ней расчёт совокупного размера прибыли (п. 6 ст. 289, п. 18 ст. 274 НК РФ); начиная со следующего года тот же расчёт прикладывается к документам на продление освобождения от НДС (п. 6 ст. 145.1 НК РФ). Освобождение от НДС, льгота по налогу на имущество организаций и пониженные тарифы страховых взносов на этой ступени сохраняются.

Вторая ступень — превышение совокупного размера прибыли в 300 млн ₽. Он считается по правилам главы 25 нарастающим итогом с 1-го числа года, в котором выручка превысила 1 млрд ₽, и складывается из прибыли (убытка) по итогам истекших налоговых периодов начиная с этого года (п. 18 ст. 274 НК РФ).

В налоговом периоде превышения прибыль облагается по общей ставке с начислением пеней за несвоевременную уплату налога и авансовых платежей (абз. 2 п. 5.1 ст. 284 НК РФ), прекращаются освобождение от НДС и льгота по налогу на имущество, а налог за этот период восстанавливается и уплачивается с пенями (п. 2 ст. 145.1, п. 20 ст. 381 НК РФ); пониженные тарифы страховых взносов не применяются с 1-го числа месяца, следующего за месяцем превышения (п. 9 ст. 427 НК РФ). Условия применения льгот фонд публикует на странице https://sk.ru/tax-facilities/.

В Правилах проекта лимита выручки участника нет. Единственный порог выручки, влияющий на статус, касается учредителя: если выручка учредителя (участника, акционера), которому принадлежит более 50 процентов голосов в уставном капитале участника проекта, за отчётный год превысила 4 000 000 000 ₽, фонд обязан принять решение о досрочном исключении стартапа из реестра — но не ранее чем через 6 месяцев с момента наступления этого обстоятельства и только если к этому сроку вид участия не изменён со стартапа на ИЦП (подп. 10.1 п. 3 ст. 8).

С НДС или без считается порог — вопрос Налогового кодекса, а не правил проекта. Кодекс говорит о годовом объёме выручки от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), исчисленной в соответствии с главой 25 (абз. 3 п. 2 ст. 246.1 НК РФ), а при определении доходов по этой главе из них исключаются суммы налога, предъявленные покупателю (п. 1 ст. 248 НК РФ), — то есть без НДС. По букве в порог идёт только выручка от реализации (ст. 249 НК РФ): внереализационные доходы кодекс относит к другой группе (ст. 250 НК РФ), но прямого разъяснения на этот счёт в самих статьях нет.

Как считать порог в своём случае, уточняйте в своей налоговой инспекции — разъяснения по нормам НК РФ даёт ФНС.