Можно ли вести раздельный учёт исследовательской и прочей деятельности или непрофильную деятельность нужно выносить в отдельное юридическое лицо?

Раздельный учёт вопрос не решает: участник проекта обязан осуществлять исключительно исследовательскую деятельность и коммерциализацию её результатов (п. 1 ст. 2, пп. 3 ст. 5), и Правила оценивают деятельность компании целиком, а не отдельный её сегмент. Ответ фонда однозначен: вести раздельный бухгалтерский учёт «профильных» и «непрофильных» операций компании-участнику нельзя — учёт единый, а налоговые льготы распространяются на всю её деятельность.

Прямой нормы о запрете раздельного учёта в Правилах нет: фонд выводит его из обязанности вести исключительно исследовательскую деятельность, из обязательной формулировки устава и из 244-ФЗ, и в споре будет опираться на эти нормы.

Выносить непрофильную деятельность в отдельное юридическое лицо теперь нужно не всегда: с 23.01.2026 иные виды финансово-хозяйственной деятельности допустимы внутри самого участника, если доход от них по итогам отчётного периода не превышает 30 процентов от суммы всех доходов и не направляется на выплату дивидендов (п. 12 ст. 4). Отдельное юридическое лицо остаётся вариантом, когда доля превышает лимит или деятельность нужно вести без ограничений: деятельность дочернего общества Правилами проекта не ограничивается, один и тот же владелец в разных юридических лицах допустим.

По бухгалтерскому учёту и налогам фонд консультаций не даёт — учёт ведётся по законодательству РФ. Налоговый кодекс льготы участника проекта по видам операций не делит: освобождение от НДС даётся организации со статусом участника и отказаться от него можно только в отношении всех её операций сразу (п. 1 и 4 ст. 145.1); освобождение от налога на прибыль снимает обязанности налогоплательщика в целом (п. 1 ст. 246.1); от налога на имущество освобождается сама организация, получившая статус участника проекта (п. 20 ст. 381); пониженные тарифы страховых взносов установлены для участника проекта как плательщика (подп. 10 п. 1 и п. 2.4 ст. 427).

По применению льгот к вашей ситуации обращайтесь в свою налоговую инспекцию. Вопрос о том, укладывается ли ваша структура в правила проекта, разбирают юристы фонда: обращение с корпоративной почты участника (ОРН@members.sk.ru) на Skcontrol@sk.ru либо Zoom-встреча с Правовым департаментом по самозаписи (https://planerka.app/meet/yuliya-guseva-x5fws3/vstrechi-s-uchastnikami-i-soiskatelyami); соискателю до получения статуса — ConsultingCenter@sk.ru с номером заявки.