С какого момента прекращаются налоговые льготы при утрате статуса участника и за какой период доначисляются налоги?

Право на льготы прекращается с даты внесения в реестр участников проекта записи об утрате статуса: с этой даты статус считается утраченным (п. 3 и 4 ст. 21 Положения о статусе). Налоги восстанавливаются за периоды, в которых льготы уже применялись:

 — НДС — за налоговый период (квартал), в котором утрачен статус (п. 2 ст. 145.1 НК РФ);

 — налог на прибыль — с 1-го числа налогового периода, то есть с начала календарного года, в котором утрачен статус (п. 2 и 3 ст. 246.1 НК РФ);

 — страховые взносы — с 1-го числа месяца, в котором утрачен статус (п. 9 ст. 427 НК РФ);

 — налог на имущество — с момента утраты статуса (п. 20 ст. 381 НК РФ по отсылке к п. 2 ст. 145.1).

Восстановленные суммы уплачиваются с пенями.

Если статус закончился по истечении десяти лет со дня включения в реестр (ч. 4 ст. 10 закона об инновационном центре «Сколково»), страховые взносы за этот период не восстанавливаются — Налоговый кодекс прямо исключает такой случай (п. 9 ст. 427 НК РФ). По НДС, налогу на прибыль и налогу на имущество отдельной оговорки об истечении десятилетнего срока в кодексе нет, поэтому порядок за последний период уточните в своей инспекции.

Пока компания остаётся участником проекта, льготы сохраняются, а доначисление вызывает именно утрата статуса — с годовым отчётом в фонд оно не связано.

Перерасчёт делает налоговая инспекция; информацию о получении и об утрате статуса в налоговые органы передаёт фонд как управляющая компания (п. 9 ст. 427 НК РФ), отдельно уведомлять инспекцию не нужно. Суммы и даты сверяйте со своей инспекцией; за письменным разъяснением можно обратиться в Минфин России (п. 1 ст. 34.2, подп. 2 п. 1 ст. 21 НК РФ).