Может ли участник отказаться от налоговых льгот, в том числе от освобождения от НДС?

Да, льготой можно не пользоваться: её применение — право, а не обязанность (п. 1 ст. 145.1 и п. 1 ст. 246.1 НК РФ), поэтому участник вправе не применять отдельную льготу, сохранив остальные, и вправе вообще не начинать применять освобождение от НДС. На статус участника проекта это никак не влияет.

Формальный отказ необратим: участнику, отказавшемуся от освобождения, оно повторно не предоставляется (п. 4 ст. 145.1 и п. 5 ст. 246.1 НК РФ). Уведомление об отказе подаётся в инспекцию не позднее 1-го числа налогового периода, с которого участник намерен отказаться: по НДС это начало квартала, по налогу на прибыль — начало года. Отказ от освобождения по НДС возможен только в отношении всех операций сразу: применять его к одним сделкам и не применять к другим, в том числе в зависимости от покупателя, нельзя.

Просто перестать подавать документы — не выход. Участник, который применял освобождение, по истечении каждых 12 календарных месяцев по НДС (п. 5 ст. 145.1 НК РФ) и по окончании налогового периода по налогу на прибыль (п. 6 ст. 246.1 НК РФ) обязан представить в инспекцию документы и уведомление — о продлении либо об отказе. Если документы не представлены или содержат недостоверные сведения, налог за этот период восстанавливается и уплачивается с пенями.

Само освобождение даётся на 10 лет со дня получения статуса (п. 1 ст. 145.1, п. 1 ст. 246.1 НК РФ) и продлевается уведомлением; отдельных сроков применения льготы инспекция не устанавливает. Если отказ не направлялся, начать пользоваться льготами можно в обычном порядке, уведомив инспекцию.

Поскольку отказ необратим, до его подачи уточните последствия в своей инспекции.